Աստված Իսրայելի ապագա թագավոր ընտրեց նախկին հովիվ Դավիթին։ Հովնաթանը գիտեր այդ մասին։ Որպես Սավուղ արքայի ավագ որդի՝ Հովնաթանը լիովին իրավունք ուներ իրեն համարելու լիարժեք թագաժառանգ։ Այդուհանդերձ, նա ոչ միայն չէր նախանձում իր ընկերոջը, այլեւ ամբողջովին աջակցում էր նրան, որպեսզի դառնա արքա.
«Եւ երբոր Սաւուղի հետ խօսեց եւ վերջացրեց, Յովնաթանի սիրտը կապուեցաւ Դաւիթի սրտի հետ, եւ Յովնաթանը նորան իր անձի պէս սիրեց։ Եւ նոյն օրը Սաւուղը նորան առաւ եւ թող չտուաւ, որ ետ դառնայ իր հօր տունը։ Եւ Յովնաթանը, եւ Դաւիթը ուխտ արին, որովհետեւ նա իր անձի պէս սիրում էր նորան։ Եւ Յովնաթանն իր վերարկուն հանեց եւ այն ու իր հանդերձները մինչեւ իր սուրը, իր աղեղը եւ գօտին Դաւիթին տուաւ»։ Ա Թագավորաց 17։1-4
Հովնաթանի հայրը՝ Սավուղը, ժամանակի ընթացքում սկսեց ատել Դավիթին եւ բազմիցս փորձեց սպանել նրան։ Հովնաթանը մի քանի անգամ, անգամ վտանգելով իր կյանքը, օգնեց Դավիթին, այդ թվում նրան զգուշացնելով վերահաս վտանգների մասին։
«Եւ Սաւուղը Դաւիթի երեսիցը վախենում էր, որովհետեւ Տէրը նորա հետ էր. բայց Սաւուղիցը հեռացել էր։ Եւ Սաւուղը նորան իր մոտիցը հեռացրեց, եւ նորան հազարապետ արաւ. եւ նա ժողովրդի առաջին դուրս էր գալիս եւ մտնում էր»։ Ա Թագավորաց 18։12-13
«Եւ Սաւուղն իր որդի Յովնաթանին եւ իր ամեն ծառաներին ասեց, որ Դաւիթին մեռցնեն։ Բայց Սաւուղի որդի Յովնաթանը շատ էր սիրում Դաւիթին. եւ Յովնաթանը Դաւիթին իմացրեց եւ ասեց. Իմ հայր Սաւուղը ուզում է քեզ մեռցնել. ուրեմն հիմա մինչեւ առաւօտ զգոյշ կաց, եւ մէկ ծածուկ տեղ նստիր եւ թաք կաց։ Եւ ես դուրս կգամ եւ իմ հօր մօտ կկանգնեմ այն դաշտումը, ուր որ դու կլինես, եւ քեզ համար իմ հօր հետ կխօսեմ, եւ ինչ որ իմանամ՝ քեզ կպատմեմ։ Եւ Յովնաթանը Դաւիթի մասին լաւ խօսեց իր հայր Սաւուղի հետ, եւ նորան ասեց. Թող թագաւորը իր ծառայ Դաւիթի դէմ մեղք չգործէ. որովհետեւ նա քեզ դէմ մեղք չէ արել. եւ նորա գործքերը քեզ համար շատ լաւ են»։ Ա Թագավորաց 19։1-4
Սակայն, որոշ ժամանակ անց Դավիթի հետապնդումներն ավելի սաստկացան, եւ Դավիթը ստիպված էր հեռանալ եւ թաքնվել։ Դավիթն ու Հովնաթանը նորից միմյանց հավատարմության երդում տվեցին, որից հետո Հովնաթանն աջակցեց, որպեսզի Դավիթը կարողանա ապահով թաքնվել։
Դավիթի դեգերումները տեւեցին յոթ տարի։ Այդ ընթացքում Հովնաթանը ընդամենը մեկ անգամ կարողացավ տեսնել ընկերոջը, այն էլ կյանքը վտանգելով, որպեսզի հավաստիանա նրա ողջության ու ապահովության մասին։ Չնայած երկարատեւ բաժանումին, Հովնաթանն ու Դավիթը պահպանեցին իրենց ընկերության ամրությունն ու անկեղծությունը։ Այդ ընկերությունը հիմնված էր միմյանց նկատմամբ խորագույն փոխադարձ հարգանքի վրա, ինչը բխում էր ընդհանուր հոգեւոր արժեքներից, Աստծո նկատմամբ ամուր սիրուց։ Նրանցից յուրաքանչյուրն ուներ որակներ, որ դուր էին գալիս մյուսին։ Նրանց հարաբերությունները շատ պարզ, ուղիղ ու ազնիվ էին, եւ նրանք վստահում էին միմյանց։ Զուտ մարդկային տեսանկյունից, Դավիթի հետ ընկերությունը Հովնաթանին ոչինչ չէր տալիս, ավելի շուտ՝ հակառակը, նա շատ բան կարող էր կորցնել։ Սակայն այն անշահախնդիր ընկերական սերը, որ տածում էր Հովնաթանը Դավիթի նկատմամբ, այսօր էլ կարող է ծառայել որպես ընկերության չափանիշ ու օրինակ։